店頭で見かける「Y1000」と、宅配専用として知られる「ヤクルト1000」には、明確な仕様の違いが存在する。前者は1本138ml中に1100億個の乳酸菌を含有し、コンビニなどの店頭販売向けにボトル形状が最適化されている。一方、後者は1本100ml中に1000億個を含み、主にヤクルトレディによる定期訪問配達で届けられる仕組みだ。
この製品群の核心にあるのが、医学博士の代田稔氏が1930年代に強化育成に成功した乳酸菌シロタ株（L. カゼイ YIT 9029）である。腸内環境を整えるだけでなく、高濃度で摂取することによって精神的ストレス下でのストレス軽減や深睡眠をもたらすことが実証された。長年の研究結実が、今日の爆発的ヒットを支えている。
