『Dr.コトー診療所』の圧倒的な叙情詩を演出したのが、日本最西端に位置する沖縄県・与那国島の雄大な自然です。ドラマ撮影のために比川（ひがわ）集落の浜辺に建設された「志木那島診療所」のオープンセットは、映画公開から時間が経過した現在も観光名所として保存されています。
診療所セットの内部には、コトー先生が実際に座っていた診察机やカルテ棚、入院用ベッド、手術室、そして屋上へと続く階段がそのまま残されており、入場料（大人数百円程度の維持管理協力金）を支払うことで一般見学が可能です。白衣を羽織って記念撮影ができるコーナーも設置されており、全国から訪れるファンが絶えません。
ただし、現場を訪れる際には離島特有の注意点があります。与那国島は台風の常襲地帯であり、悪天候による修繕工事や休館が発生することがあります。また、島内の移動手段（レンタカーやレンタルバイク）は台数に限りがあるため、訪問前の事前予約が必須です。作中でコトー先生が自転車で走った坂道や、オープニングに登場する断崖絶壁（サンニヌ台周辺）など、島全体が物語の空気感をそのまま残しています。
