一見隙のないメガヤミラミですが、明確な弱点と崩しのルートが存在します。ゴースト・あく複合タイプのメガヤミラミ弱点は「フェアリータイプのみ（2倍）」であり、ノーマル・かくとう・エスパーの3タイプを完全無効化します。
対戦においてメガヤミラミ対策として機能する代表的なアプローチは以下の3点です。
- 高火力フェアリー特殊技による一撃突破：メガヤミラミは特防より防御が高いため、瞑想を積まれる前にハバタクカミやカプ・テテフ、サーナイトなどの高威力ムーンフォースで上から押し切るのが最も確実です。
- 特性「かたやぶり」による変化技の押し込み：マジックミラーを貫通できる特性「かたやぶり」を持つポケモン（メガジャラランガ、オノノクス、メガギャラドスなど）であれば、ちょうはつや状態異常技をそのまま通すことが可能です。
- こだわりトリックやみがわり戦術：メガシンカ前にこだわりアイテムを押し付けるトリックや、鬼火の届かない範囲から身代わりを設置して起点化する動きも有効打となります。
