天草四郎の出自をめぐり、江戸時代から現在に至るまで歴史ファンの間で根強く語り継がれているのが「豊臣秀頼の落胤（隠し子）説」です。
慶長20年（1615年）の大坂夏の陣で豊臣秀頼は大坂城で自害したとされていますが、当時から「秀頼公は密かに大坂城を脱出し、真田幸村とともに薩摩へ逃れた」という生存伝説が各地に流布していました。この伝説と結びつき、秀頼の側室が九州へ逃れて産み落とした男子こそが天草四郎であるという言説が生まれたのです。
この異説が単なるオカルトにとどまらず議論される要因として、以下の特徴的な状況が挙げられます。
- 旗印と馬標：原城で掲げられた四郎の陣旗や馬印に、豊臣家の象徴である「瓢箪（ひょうたん）」が用いられていたこと。
- 浪人衆の合流：島原の乱には、大坂の陣で敗れた元豊臣方の残党浪人が多数参戦・指導層に入っていたこと。
- 四郎の風貌と威厳：十代半ばにして陣頭に立ち、元武士の大柄な浪人たちを従えさせる異様な気品があったこと。
しかし、現代の学術的な歴史研究においては、この落胤説は幕府打倒の大義名分を得るための戦略的プロパガンダであったと結論づけられています。徳川幕府の正統性を揺るがし、西日本の不満分子や旧豊臣恩顧の勢力を結集させるシンボルとして、豊臣の威光が巧みに利用されたと見るのが自然です。
