本作において最もファンを震撼させたのが、キャラクターの根幹に関わるストーリーと設定の大幅な改変です。1995年と2005年の2つの時代を交差させる構成自体は原作をベースにしているものの、描かれるエピソードの動機や人間関係はほぼ別物へと書き換えられていました。
特に物議を醸したのが、主人公・桐生一馬が極道の世界へ足を踏み入れる動機と、服役することになる経緯です。原作における桐生は、親友である錦山彰の罪を身代わりに被り、10年の刑期を務め上げるという自己犠牲の精神こそが「堂島の龍」としての伝説の始まりでした。しかしドラマ版では、若気の至りによる無計画な強盗や地下格闘技への関与が引き金となり、桐生の人間的魅力である「不器用なまでの義理堅さ」が著しく損なわれてしまっています。
また、登場人物の相関関係にも大きなメスが入りました。澤村由美や錦山の妹・ミホの境遇、さらには堂島組内部の勢力図に至るまで、原作プレイヤーであればあるほど「なぜその設定を変えたのか」と首を傾げざるを得ない展開が連続しました。物語をスピーディーに進めるための脚色という枠を超え、キャラクターが長年ファンに愛されてきた理由そのものを否定するような改変が、決定的な亀裂を生んだと言えます。
