しかし、光が強ければ影もまた濃くなります。GDQが小規模な有志の集まりから数百万ドル規模の国際エンターテインメントへと急拡大する過程において、数多くの批判や軋轢が生まれました。ネット上で囁かれる「Games Done Quick 炎上の真相」について、報道機関の視点からタブーなく切り込みます。
最も大きな転換点となり、古参ファンから激しい反発を招いたのがTwitchチャットの「サブスクライバー限定化（有料化）」でした。初期のGDQは誰もが自由にチャットできるカオスな草の根感が魅力でしたが、視聴者数の急増に伴い、トランスジェンダーやLGBTQ+の走者に対する過激なヘイトスピーチ、人種差別的なミームの連投が深刻化しました。運営はクリーンなイメージを守り走者を保護するため、月額課金者のみが発言できる仕様へ踏み切りましたが、これが「商業主義への魂の売却だ」「表現の弾圧だ」として大炎上したのです。
さらに、自由奔放なジョークや悪ノリで会場を爆笑させた名物ランナーが、過度な下ネタやスポンサー企業（PlayStationなど）への過激ないじりを理由に出場禁止（BAN）処分を受ける事件（通称：Bonesaw57騒動など）も発生しました。かつての「ギークたちの地下アジト」から「誰もが安心して見られるコンプライアンス遵守の巨大メディア」へと脱皮する過程で生じた、痛みを伴う文化的衝突でした。
一部のネット掲示板やSNSでは「寄付金の中抜き疑惑」が囁かれることもありますが、これは明確な誤解です。GDQの寄付決済はGDQ運営の口座を一切経由せず、PayPalやTrackerを通じて慈善団体（国境なき医師団等）の公式口座へ直接送金されます。運営費用（会場費や機材費、専任スタッフの人件費）は、Twitchからの配信広告収入、オフィシャルグッズ（Fangamer等）の売上、および企業協賛金から完全に切り離して賄われており、第三者機関による厳密な会計監査もクリアしています。
