フライング検査で「目視できるかできないか」程度のうっすらとした陽性線が出た場合、ぬか喜びや過度の不安を抱く前に知っておくべき医療上の事実がある。産婦人科専門医は、この段階での陽性反応が必ずしも臨床的な妊娠の成立を意味するわけではないと警告する。
日本産婦人科学会の定義によれば、超音波検査で胎嚢（赤ちゃんの袋）が確認される前に、受精卵の着床が維持できなくなって出血とともに流れ出てしまう現象を「化学流産（生化学的妊娠）」と呼ぶ。かつてフライング検査が存在しなかった時代、化学流産は単なる「少し遅れた生理」として処理され、本人が気づくことはなかった。
検査薬の超高感度化に伴い、この本来なら気づくはずのなかった超早期の生命反応を検知してしまう機会が増えた。陽性反応が出たにもかかわらず数日後に生理が始まるという経験は、当事者に大きな精神的ダメージを与える。医師が指定時期までの検査を推奨するのは、こうした不要なショックから女性の心身を守るためでもある。
