多くの人が疑問を抱くのが、学術的・国際的な用語であるトランスジェンダーとの決定的な違いだ。結論から言えば、トランスジェンダーが「出生時に割り当てられた性別と自認する性別が異なるすべての人」を指す広範な性自認の概念であるのに対し、ニューハーフは日本のショービジネスや夜の文化という特定のコンテクストから生まれた日本独自の文化的・職業的自称という側面が強い。
歴史的に見ると、かつて日本性科学会などの専門機関が診断基準を整理してきた性同一性障害（現在は医学的に「性別不合」と呼ばれる傾向にある）という概念とも混同されがちであった。性同一性障害が医療や法的性別の変更を必要とする精神医学的・身体的状態を示す診断名であるのに対し、ニューハーフという表現は、身体的処置（ホルモン治療や性別適合手術）の有無にかかわらず、舞台や接客の現場で女性としての魅力を提示するエンターテイナーとしての自負や美学を含んだ言葉として機能してきた。この「自認・権利の主張（トランスジェンダー）」と「文化・表現・生き様（ニューハーフ）」という重点の置き所の違いこそが、両者を分ける本質である。
