目黒学院を語る上で欠かせないのが、全国高校ラグビー大会（花園）で全国優勝5回を誇る名門、目黒学院高等学校ラグビー部の存在です。全国からトップクラスのラガーマンが集結し、東京都予選でも毎年激戦を演じています。
部活動に関する現場の声を取材すると、ラグビー部をはじめとする強化指定クラブ（ゴルフ部、空手道部、陸上競技部など）の生徒はスタンダードコースに多く在籍し、専用グラウンドや充実したトレーニング施設で競技力向上に励んでいます。一方で、一般の生徒が所属する文化部や一般的な運動部（サッカー部、バスケットボール部、軽音楽部など）は、アドバンスコースやプレミアムコースの生徒も無理なく活動できる週3〜4日程度の設定が多く、過度な負担になりません。
学校側が「競技力の極致を追求するアスリート」と「学問に専念する進学志向層」の住み分けをコース制によって明確化しているため、一般入学生が部活動の上下関係や過酷な練習に巻き込まれる心配は少なく、それぞれの目標に応じたキャンパスライフを送れる構造になっています。
