起伏の激しい広大な園内を効率よく巡るために欠かせない乗り物が、園内専用バスのフラワートレインです。各ゲートと山頂付近の広場を結び、歩行が大変な坂道でも快適に移動できます。
フラワートレインの運行時間は、通常期はおおむね9時台から16時台まで（季節や天候によって変動あり）運行されており、平日は1時間に1本程度、土日祝日や花の見頃シーズンには増便対応が行われます。ルートは「東口〜わんぱく広場〜山頂中継広場〜西口」「南口〜山頂中継広場」などを結ぶ複数のラインが設定されています。
利用料金は大人（中学生以上）片道500円・1日券500円（※路線設定により変動あり）、子ども（3歳〜小学生）片道300円程度で設定されています。1日乗り放題券を購入すれば、東口から西口へ山越えをして散策した後にトレインで元の駐車場へ戻る、といった柔軟なルート取りが可能です。
