日本国内において、エホバの証人をめぐる法的な争いは過去にいくつかの歴史的判決を残しており、個人の自己決定権と信教の自由、そして生命維持の優先度をめぐる法理が形成されてきました。
医療分野における金字塔となったのが、「エホバの証人輸血説明義務違反事件（最高裁2000年2月29日判決）」です。肝臓腫瘍の摘出手術を受ける際、信者である患者は無輸血手術を強く希望していました。しかし、医師側は「輸血以外に救命手段がない事態になれば輸血を行う」という方針を患者に隠したまま手術を実施し、実際に輸血を行いました。
最高裁判所は、「患者が自己の宗教的信念から輸血を拒絶する明確な意思を有している場合、その意思決定をする権利（自己決定権）は人格権の一内容として尊重されなければならない」と判示。医師が輸血方針を事前に説明しなかったことを不法行為と認め、損害賠償を命じました。この判例により、成人信者が十分な判断能力を持った上で輸血を拒む権利は法的に保護されることとなりました。
一方、教育分野では「神戸高専剣道実技拒否事件（最高裁1996年3月8日判決）」が知られています。信仰上の理由から格闘技である剣道実技の受講を拒否した男子学生が退学処分となった事件において、最高裁は学校側が代替措置を考慮せずに下した処分を違法・無効と判断しました。
しかし、医療現場における児童・未成年者の生命保護に関しては、成人とは明確に異なる厳格なルールが確立されています。日本輸血・細胞治療学会など関連5学会が策定した「宗教的輸血拒否に関する合同ガイドライン」では、18歳未満の未成年者に対して親が輸血を拒否した場合、医師側は親の意向に従わず、児童相談所への通告や親権停止の手続き、あるいは緊急避難的に輸血を行って生命を救う方針が徹底されています。児童虐待防止法上の「医療ネグレクト」に該当するという法的解釈が完全に定着しています。
