三多摩少年野球大会は、最上級生である6年生主体のチームだけでなく、成長段階に合わせた複数のカテゴリー分けがなされている点も大きな特徴です。
大会は主に、6年生を中心とする「本戦（高学年クラス）」、5年生以下で構成される「中学年クラス」、そして4年生以下を対象とした「ジュニアクラス（低学年大会）」などのクラスに分かれてエントリーを受け付けます。これにより、まだ体が出来上がっていない低学年の選手たちも、同年代同士で実戦経験を積むことが可能になっています。
特にジュニアクラスでの勝ち上がりは、そのクラブの2年後、3年後の本戦での躍進を占う先行指標として指導陣から非常に重視されています。早い段階から三多摩のハイレベルな舞台を経験した選手たちが、高学年になって再び決勝の舞台に戻ってくるという好循環が、大会全体のレベルを底上げしています。
