高松中央高校のもう一つの顔が、活気ある部活動の展開です。都市部に位置する本校舎の敷地制約を克服するため、同校は香川県木田郡三木町に「三木町運動施設（野球場・サッカー場）」を保有しています。
とりわけ注目を集めるのが野球部です。広大な三木グラウンドには専用の練習設備や室内練習環境が整備されており、県内外から甲子園出場を本気で目指す球児が集まります。香川県内の高校野球は強豪公立校や伝統私学がしのぎを削る激戦区ですが、近年の高松中央高校野球部は着実に上位進出の実績を積み上げており、県大会の台風の目として警戒される存在となっています。
また、同校はゴルフ部をはじめとする特定競技においても全国トップクラスの実績を誇り、過去には世界的なプロゴルファーを輩出した育成実績を持ちます。運動系だけでなく、吹奏楽部や商業系の資格取得系クラブ（簿記・ワープロ等）など、生徒一人ひとりが自己実現を図る場が用意されています。特進コースと運動部強豪チームとの両立には相当の自己管理能力が求められますが、進学コースや総合進学コースでは部活動を中心とした高校生活を送る生徒が多数を占めています。
