パワーアーマーステーションで施せるモジュール改造は、プレイスタイルを劇的に変化させます。素材の消費は大きいものの、Science!やArmorerのPerkを高めて上位モジュールを装着する価値は絶大です。
胴体部のおすすめ改造は、立体的な高所取りや奇襲が可能になる「ジェットパック」です。探索の自由度が跳ね上がるため、終盤のプレイングには欠かせません。近接戦闘を好むプレイヤーには、周囲の敵へ継続的な電撃ダメージを与える「テスラコイル」も極めて強力です。脚部には所持重量を50増加させる「衝撃補正機能（キャリブレーテッド・ショック）」を両脚に装着することで、総所持重量を合計+100でき、スカベンジ効率が劇的に改善します。
また、パーツ全体への塗装（ペイント）は見た目を変えるだけでなく、一式を統一することで特殊なステータス強化効果を発揮します。
例えば、ミリタリー塗装は「Strength+1」、Vault-Tec塗装は「Charisma+1」、雑誌『ホットロッド』で解禁されるホットロッド塗装は「敏捷性（Agility）+1」など、用途に応じた恩恵が得られます。B.O.S.やインスティチュートなどの派閥専用塗装も存在し、ロールプレイと性能強化を両立できる奥深いシステムです。
