立正佼成会の政治関与に対しては、創価学会と同様に「憲法第20条が定める政教分離の原則に抵触しないのか」という議論が常に向けられてきました。
この点において、立正佼成会および新宗連は一貫して「政教分離とは国家が特定の宗教を保護・弾圧することを禁じるものであり、宗教法人や信仰者が主権者として政治活動を行う権利は保障されている」という立場をとっています。自ら政党を結党して直接的な権力行使を目指すのではなく、あくまで市民社会の一員として共鳴できる政党・政治家を外部から支援する形をとっている点が、公明党を直系組織とする創価学会との決定的な違いであると主張してきました。
政治資金の透明性や選挙運動の公正さに対する社会の目が極めて厳しくなった現在、教団側も特定の政党に過度に依存するリスクを避け、社会貢献活動や人道支援といった本来の宗教的使命に軸足を置きつつ、是々非々で政治と向き合う慎重な姿勢を堅持しています。