ライトの死によって幕を閉じたキラ事件の後、残された弥海砂がどのような結末を迎えたのか。この「ミサの死因」については、原作漫画とアニメ版で描かれ方が大きく異なります。
原作第13巻に収録された公式年表によると、ミサの没年月日は2011年2月14日。ライトが黄色興産の倉庫で死亡（2010年1月28日）してから約1年後のバレンタインデーに亡くなっています。死因について明確な直接描写はないものの、公式解説において「松田の失言などにより月の死を知り、絶望して自殺した」という経緯が示唆されています。ノートの記憶を失いながらも、心から愛した存在を失った虚無感が彼女を死へと追いやったと解釈されています。
一方、荒木哲郎監督が手がけたテレビアニメ版の最終話（第37話）では、原作とは異なる象徴的なオリジナルシーンが描かれました。ゴシックロリータ調の黒い服に身を包んだミサが、黄昏に染まる走行中の列車に乗り、高層ビルの屋上フェンスの外側に佇むカットで物語が終わります。直接的な投身の瞬間は描かれないものの、ライトの死と時を同じくして自ら命を絶つことを強く予感させる、美しくも切ない演出としてファンの心に深く刻まれました。
