汎愛高校のアイデンティティを語る上で欠かせないのが、全国屈指の実績を誇る部活動の存在感です。中でもなぎなた部は、インターハイ（全国高等学校総合体育大会）や全国選抜大会において上位入賞や優勝争いの常連であり、日本代表クラスの選手も輩出してきた名門中の名門です。
道場には張り詰めた緊張感と礼節が保たれており、中学校時代からの経験者だけでなく、高校から競技を始めた生徒が全国大会の舞台に立つケースも珍しくありません。このほかにも、陸上競技部、バスケットボール部、バレーボール部、硬式野球部、武道系部活動など、多彩な運動部が活発に活動しており、府立高校トップクラスの充実したトレーニング環境が整っています。運動部での厳しい鍛錬を通じて培われる忍耐力や礼儀作法は、後の就職や進学の面接試験においても強力な武器となっています。
