現在の4代目駅舎を語る上で欠かせないのが、世界的な建築家・原広司氏による建築デザインです。平安京の都市計画である「条坊制（碁盤の目）」を意識したグリッド構造と、中央コンコース上部に広がる巨大なガラスと鉄骨の吹き抜け空間は、京都盆地を取り囲む山並みと谷をメタファーとして設計されました。1997年の開業当初は景観論争を巻き起こしたものの、今や京都の伝統と未来が交差するモニュメントとして定着しています。
ビルの西側に位置する名物が、室町小路広場へと続く全171段の大階段です。そのうち125段には約15,000個のLEDが埋め込まれており、夜間には季節の風物詩や京都の伝統文化をモチーフにした「グラフィカルイルミネーション」が鮮やかに投影されます。春の桜、夏の祇園祭、秋の紅葉、冬のクリスマスと年間を通じてテーマが切り替わり、階段に腰掛けて夜景と光のアートを眺める時間は、旅の疲れを癒やす極上のひとときとなります。
さらに見逃せないのが、地上45メートルの高さを東西に結ぶ空中径路（スカイウェイ）の見どころです。巨大なアトリウム天井のすぐ下を歩くこの通路には、所々にガラス張りの展望スポットが設けられており、目の前にそびえる京都タワーや烏丸通の街並みを遮るものなく一望できます。東広場から空中径路を抜け、大階段の頂上にある屋上・葉っぴいてらす（展望デッキ）へ抜ける空中散歩コースは、入場無料でありながら京都駅随一のパノラマ夜景を約束してくれます。
