半蔵門線の最大の特徴であり、同時に最大の弱点となっているのが、神奈川県から埼玉県までを一本で結ぶ大規模な相互直通運転だ。南は東急田園都市線の中央林間から、北は東武伊勢崎線・日光線の久喜や南栗橋に至るまで、その運行総延長は100キロメートルを大幅に超える。
どこか遠く離れた沿線で起きた踏切立ち入りや荷物挟まり、あるいは車両点検といったわずかなアクシデントが、中央の半蔵門線へとタイムラグを置いて押し寄せる。まるでドミノ倒しのようだ。各社間の調整が入ることで復旧にさらなる時間を要し、結果として終日ダイヤが回復しないケースも珍しくない。