卒業生の進路は、かつてのイメージを大きく覆す多様さを見せている。水産庁や地方自治体の水産職といった公務員ルートはもちろん、サントリーやマルハニチロといった大手食品メーカー、さらには海洋データを扱うITベンチャーやコンサルティングファームからの求人が引きも切らない。
世界的なタンパク質危機（プロテイン・クライシス）が叫ばれる中、水産資源の知識を持つ人材はグローバル市場で極めて希少価値が高い。養殖ビジネスの海外展開や、水産物のトレーサビリティ（流通経路の追跡可能性）の確立など、活躍の舞台は世界中に広がっている。
