足根洞症候群の診断には、専門的な解剖学的知識と精密機器による検証が欠かせません。痛みの原因を正しく突き止めるためには、以下の診断プロセスを実施している医療機関を選ぶ必要があります。
もっとも確実性の高い診断手技が診断的足根洞ブロックです。痛む足根洞内に極小針で局所麻酔薬を注入し、その直後に歩行テストや内返しテストを行って痛みが完全に消失するかを確認します。麻酔によって痛みが劇的に消失した場合、痛みの発生源が足根洞内にあると確定できます。
続いて行われるのがMRI検査です。MRIのT2強調画像やSTIR画像を用いることで、X線には写らない足根洞内の滑膜増殖、骨髄浮腫（距骨や踵骨の骨挫傷）、骨間距踵靭帯の完全・部分断裂を明瞭に描出できます。超音波エコー検査による動態評価を取り入れている施設も増えています。
医療機関を選定する際は、日本足の外科学会（JSSF）認定の専門医が在籍しているか、あるいはスポーツ整形外科に特化した理学療法士が常駐しているかを確認することが完治への近道となります。
