教育現場や知恵袋、受験情報コミュニティの質問ログを分析すると、多くの学習者がつまずくポイントには共通のパターンが存在することが分かります。
特に典型的な誤解が、二酸化炭素（$CO_2$）と二酸化ケイ素（$SiO_2$）の混同です。周期表で炭素（$C$）とケイ素（$Si$）は同じ14族に属し、化学式の表記も非常によく似ています。しかし、$CO_2$は常温で気体の独立した分子（分子式）であるのに対し、$SiO_2$（石英やケイ砂）はケイ素と酸素が立体的に強固な共有結合ネットワークを組んだ高融点の結晶（組成式）です。見た目の文字式だけにとらわれると、物質の物理的性質を完全に見誤ってしまいます。
また、有機化学を学び始めた段階で頻出する「酢酸の式はどれを書けばいいのか」という混乱も現場で頻繁に見られます。酢酸の分子式は $C_2H_4O_2$ ですが、実際の化学反応式では酸性を示すカルボキシ基を明示した示性式（$CH_3COOH$）を使うのが標準です。出題文が「分子式で記せ」と指定しているのか、「示性式で記せ」と求めているのかを読み落として減点されるケースが毎年多発しています。
ネット上の簡易解説サイトなどでは「金属が入っていれば組成式、非金属だけなら分子式」という大雑把なルールだけが独り歩きしがちですが、前述の $SiO_2$ やダイヤモンド（$C$）のような非金属の共有結合結晶を見落とす落とし穴がある点には細心の注意が必要です。
