同校の教育の根幹を支えるのが、個性豊かな3つの学科です。それぞれの学科は単に座学を行うだけでなく、広大な敷地と専門実習棟をフルに活用したカリキュラムを編成しています。
まず農業科学科では、米や野菜、果樹の栽培技術に加え、畜産や農業機械の操作技術を体系的に学びます。近年は環境負荷を減らす循環型農業や、ドローン・センサー技術を活用したスマート農業の初歩的アプローチも導入され、第一次産業の近代化を見据えた実践的な授業が展開されています。
次に食品科学科は、加工食品の製造技術と衛生管理、食品バイオテクノロジーに特化した学科です。生徒たちが自ら栽培・収穫した農産物を使って味噌、ジャム、パン、ハムなどを加工・製造するプロセスを学びます。HACCP（ハサップ）をはじめとする高度な食品衛生管理手法の基礎に高校生のうちから触れられる点は、食品メーカーへの就職や大学・短大の栄養系学科への進学において大きな武器となります。
そして花緑デザイン科では、草花や観葉植物の育成技術をベースに、フラワーアレンジメント、庭園デザイン、グリーンインフラの維持管理を幅広く探求します。地元・草津市内の公共施設やイベントの緑化活動に生徒が主体的に携わるほか、地域住民向けに開催される農産物即売会「湖南農高市」でも生徒が育てた花苗や鉢植えが即日完売するなど、地域社会との接点を最も強く実感できる環境が整っています。
