株式数比例配分方式はNISAにおいて必須である一方、特定口座を併用している投資家にとっても強力な武器となります。同方式を設定しておくと、特定口座（源泉徴収あり）において生じた株式の売却損と、同口座に入金された配当金が年末に証券会社内で自動的に損益通算されます。これにより、本来であれば確定申告を行わなければ還付されない税金が、申告不要で自動還付されるという大きな実務的メリットが生まれます。
ただし、利用者の現場から寄せられる声やSNSのコミュニティ検証では、一部のデメリットやトレードオフも浮き彫りになっています。
近年、ネット銀行各社が展開する「配当金受取プログラム（配当金の振込1件ごとに現金10円〜数十円がプレゼントされるキャンペーン）」を活用するポイ活層が増加しています。しかし、このプログラムの恩恵を受けるには受取方法を銀行受取（登録配当金受領口座方式など）に設定しなければなりません。仮に配当金数万円〜数十万円を受け取る場合、数十円のプログラム特典を得る代償として数千円〜数万円単位のNISA非課税メリットを失うことになります。数字を冷静に比較すれば、NISA保有銘柄がある場合は株式数比例配分方式を優先するのが合理的です。
