政教分離の根幹を定めているのが、日本国憲法第20条と第89条です。第20条第1項では「信教の自由は、何人に対してもこれを保障する。いかなる宗教団体も、国から特権を受け、又は政治上の権力を行使してはならない」と明記し、第3項で「国及びその機関は、宗教教育その他いかなる宗教的活動もしてはならない」と定めています。
あわせて第89条では、公金や公の財産を「宗教上の組織若しくは団体の使用、便益若しくは維持のため」に支出し、または利用させてはならないと厳格に規定しています。これらは戦前・戦中の日本において、「国家神道」が事実上の国教として位置づけられ、軍国主義の精神的支柱となった反省から生まれました。国家が特定の信仰を優遇し、異端の信仰を弾圧した歴史を二度と繰り返さないための制度的防壁です。
ここで見落としてはならない本質は、政教分離が「個人の信教の自由を最大限に保障するための手段」として設けられた制度的保障である点です。主語はあくまで「国家（国および地方自治体）」であり、国家が宗教に対して中立性を保つ「国家の非宗教性」を義務付けています。
