札幌光星高校の教育体制は、最難関国公立大学や医学部を目指すステラコースと、国公立大学や難関私立大学を幅広く目指す特進コースの2コース制で編成されています。かつて設置されていた文理コースなどの再編を経て、現在は進学指導に特化した明確なカリキュラムが構築されています。
北海道内の高校受験市場において、札幌光星高校の偏差値は道内私立高校トップクラスに位置しています。特にステラコースは、公立トップ校である札幌南高校・札幌北高校の併願先として多くの優秀層が集まるため、合格ボーダーラインは極めて高水準です。
札幌光星高校の特進コース難易度は中堅〜上位公立校の併願層に適したレベルであり、高校入学後に学力を伸ばして国公立大学へ滑り込む生徒が多い点が特徴です。また、出願時にはステラコースを第一志望とし、第二志望として特進コースを選択する「スライド判定」が一般的な出願戦略となっています。