原価割れを起こしている商品は、日々の売買だけでなく、企業の決算書（財務諸表）の作成においても厳格な会計処理が求められます。
日本の企業会計基準では、棚卸資産（在庫）について「低価法」の適用が義務付けられています。これは、取得したときの価格（取得原価）と、期末時点の回収可能価額（正味売却価額）を比較し、低い方の金額で資産を評価するルールです。
例えば、1個1,000円で仕入れた商品が、需要の低下や陳腐化によって600円でしか売れなくなった（原価割れ状態）場合、決算書上の在庫価値を1,000円のまま据え置くことは認められません。差額の400円分を「棚卸資産評価損」として損失計上し、貸借対照表の在庫価値を600円に減額修正する必要があります。
この評価損は原則として売上原価に加算され、企業の当期純利益を直接押し下げます。原価割れしている不良在庫を放置して評価損を計上しない行為は、資産の過大計上（粉飾決算）とみなされるリスクがあるため、経理・財務の実務において極めて重要な管理項目となっています。
