「御社」と「貴社」の最大の違いは、「話し言葉（口語）」か「書き言葉（文語）」かという媒体の差にあります。意味としてはどちらも「相手の会社」を指す尊敬語ですが、使用する場面が明確に分かれています。
なぜこのような使い分けが定着したのかというと、音声上の「同音異義語」に起因します。「貴社（きしゃ）」と声に出して発音した場合、「記者」「汽車」「帰社」など同じ発音の言葉が多数存在するため、口頭では聞き間違いが起こりやすくなります。そのため、会話では明確に区別できる「御社」が使われるようになりました。
一方、文字で伝える書類やメールでは同音異義語による誤認の恐れがないため、古くから漢語として格式が高い「貴社」を用いるのが正式なマナーとされています。
