陰圧室から吸い出された空気は、そのまま大気中へ放出されるわけではありません。室内の空気を安全に処理し、適切な陰圧状態を維持するために、国際的な医療環境基準（米国CDCガイドラインなど）に準拠した厳格な空調設備が組み込まれています。
排気ラインの中枢を担うのがHEPAフィルター（High Efficiency Particulate Air Filter）です。定格風量で粒径0.3μmの粒子に対して99.97%以上の捕集効率を持つこの高性能フィルターを空気が通過することで、排気中に含まれるウイルスや細菌、微粒子が物理的にろ過・除去され、無害化された状態で屋外の安全な高所へ排気されます。
さらにCDCガイドラインでは、陰圧病室の換気性能として1時間あたり12回以上の換気回数（ACH: Air Changes per Hour）（既存施設でも6回以上）を維持することが推奨されています。これは室内の空気が5分に1回以上のペースで完全に新しい空気と入れ替わる計算になり、室内のウイルス濃度を急速に希釈・低減させる役割を果たしています。
