極めて便利な印鑑なしの口座開設だが、完全な万能というわけではない。注意すべき「意外な落とし穴」も存在する。例えば、一部の伝統的な口座振替（公共料金や住宅ローン、保険料の引き落とし手続きなど）では、今なお届け出印の捺印を求められる書面が残っているケースがある。印鑑を登録していない口座の場合、専用のWeb口座振替サービスを経由するか、後から「印鑑登録の手続き」を別途行わなければならない。
また、2026年現在、フィンテックを悪用した特殊詐欺やアカウント乗っ取りへの対策として、金融機関のセキュリティチェックは一段と厳格化している。eKYCでの顔認証エラーや身分証の文字ボケにより審査が止まるケースも増えており、撮影時の照明環境やカードの記載事項の最新化には細心の注意が必要だ。
