JR線を利用して伊賀方面へ向かう場合、JR関西本線の加茂方面（京都・大阪側）や亀山方面（名古屋側）から伊賀上野駅乗り換えで伊賀鉄道伊賀線へ接続することになります。ここで直面するのが、地方ローカル線特有の運行本数と連絡改札の仕組みです。
JR関西本線の亀山〜加茂間は非電化単線区間であり、単行（1両）または2両編成の気動車（キハ120形）が日中1時間に1本程度の頻度で運行されています。これに接続する伊賀鉄道伊賀線の列車も概ね毎時1〜2本の運行ダイヤとなっており、乗り継ぎタイミングによっては駅ホームで15分〜30分程度の待機時間が発生します。
特に注意を払うべきは、伊賀上野駅のICOCA対応状況です。JR西日本の関西本線エリア（亀山〜加茂間）ではICOCAをはじめとする全国相互利用交通系ICカードが利用可能です。しかし、伊賀鉄道は全線にわたってSuicaやICOCAなどの全国交通系ICカードによる自動改札精算に対応していません。JRからICカードで入場して伊賀上野駅で乗り換える際は、跨線橋やホームに設置された「ICカード簡易改札機（タッチポール）」に出場タッチした上で、駅の券売機または車内で伊賀鉄道の紙の切符（上野市駅まで大人260円）を別途購入する必要があります。
乗り継ぎのハイライトとなるのが、世界的漫画家・故松本零士氏がデザインを手がけた「忍者列車」の存在です。青色、ピンク色、緑色の計3編成が運行されており、車体だけでなく車内天井やシートに至るまで忍者モチーフの意匠が凝らされています。忍者列車の運行ダイヤは固定されておらず、車両運用の都合により日替わりで変動します。目当てのカラーや忍者列車に乗車したい場合は、伊賀鉄道の公式サイトで前日夕方以降に公開される運行予定表を確認するか、当日駅係員に運行状況を尋ねるのが確実なアプローチです。
