水上や空からの攻撃に加え、最大の脅威となり得るのが「海中からの魚雷・潜水艦攻撃」です。この見えない暗殺者から空母を守るため、艦隊の前方数十キロから数百キロの深海を常に哨戒しているのが攻撃型原子力潜水艦による護衛です。
米海軍のバージニア級やロサンゼルス級原子力潜水艦は、静粛性とソナー探知能力において世界トップクラスの性能を誇ります。敵の潜水艦が空母を攻撃範囲内に捉えるよりもはるか手前でそのスクリュー音や水中音響を探知し、マーク48重魚雷で先制排除する任務を負っています。
水上艦に搭載されたソナーアレイ、空母から発進するMH-60R対潜ヘリコプター、そして原潜がリアルタイムでデータを共有する統合対潜戦（ASW）システムにより、海中にも死角のない強固なシールドが形成されています。
