私生活では、2012年に前妻との離婚を経験したものの、2026年に一般女性と再婚を果たしました。18歳年下の妻は薬師寺氏のジム運営や日々の体調管理を献身的に支えており、メディアやSNSでも仲睦まじい夫婦関係が垣間見えます。
前妻との間に誕生した息子たちもすでに成人を迎えており、それぞれの道を歩んでいます。かつてボクシングに打ち込んでいた息子の姿がテレビで紹介されたこともありましたが、父親として温かく見守る距離感を維持しているようです。
現在の住まいは、名古屋市内の閑静な高級住宅街に建つ大豪邸。こだわりのガレージには自慢のスーパーカーが格納されており、防犯とプライバシーに配慮された開放的な住環境で、充実したプライベートタイムを過ごしています。
