魚の生態や習性、市場価値によって、養殖に向いている魚種と栽培漁業に適した魚種は大きく分かれます。
養殖業の代表例：
- ブリ・カンパチ：成長スピードが早く、脂乗りの良さが市場で高く評価される。西日本を中心に生け簀養殖が盛ん。
- サーモン（ギンザケ・トラウト）：国内外で需要が極めて高く、冷水域の海面生け簀や内陸の陸上養殖で生産が拡大。
- クロマグロ：稚魚（ヨコワ）からの養殖や人工孵化技術が進み、高級寿司ダネとしての地位を確立。
- ウナギ・カキ・ホタテ・ノリ：魚類だけでなく貝類や海藻類も広義の養殖業の主力品目。
栽培漁業の対象魚種：
- ヒラメ：放流後の定着性が高く、天然の砂泥域で成長するため放流効果が確認しやすい代表格。
- マダイ：養殖も盛んですが、稚魚の人工大量生産技術が確立されており、全国各地の湾内で積極的な放流が行われている。
- クルマエビ・アワビ・ウニ：沿岸の岩礁域や砂地にとどまる習性があり、地域の沿岸漁民への経済的恩恵が大きい。
- サケ（秋サケ）：河川で人工授精・孵化させて稚魚を川へ放流し、北太平洋を回遊して数年後に生まれた川へ戻ってきたところを漁獲する、日本で最も歴史のある放流事業のモデル。
ヒラメやマダイのように「養殖」と「栽培漁業」の双方が行われている魚種もありますが、店頭で「養殖」と書かれているものは生け簀でエサを与えられて育った個体であり、栽培漁業で放流されて獲れたものは市場では「天然（放流魚）」として流通します。
