長崎時代における弥太郎の最も重要な出会いが、同郷の風雲児・坂本龍馬です。龍馬が率いた日本初の商社的組織「海援隊」の経理や物資調達を担当したのが、当時長崎土佐商会を仕切っていた弥太郎でした。
後世の創作物では対立関係として描かれることも多い二人ですが、実態は極めて合理的なビジネスパートナーでした。弥太郎は龍馬の奔放な資金需要に頭を抱えつつも、その卓越した構想力と行動力を高く評価し、武器や軍艦の買い付けを全面的に支援しました。
慶応3年（1867年）に龍馬が暗殺された後、海援隊の残余資産や船運ネットワークの整理を引き受けたのも弥太郎です。龍馬が描いた「船を使って世界と交易する」という壮大な夢は、弥太郎という冷徹な実務家の手によって、現実の巨大ビジネスへと昇華されていくことになります。
