鳥羽・伏見の戦い以降、徳川幕府の敗色が濃くなると、近藤の行動には悲壮感が漂い始める。甲州勝沼の戦いでの敗北、そして下総流山での捕縛。流山で新政府軍に投降した際、彼は自らを「内藤隼人」と偽った。この行動も、かつては「生への執着」と批判されることがあった。
しかし、近年の幕末史研究が提示する解釈は異なる。彼は自分が処刑されることを覚悟しつつも、残された隊士たちを逃がし、無用な流血を避けるための時間を稼ごうとしていた。板橋の刑場で首を跳ねられる最期まで、彼は徳川家への義理と武士としての誇りを捨てなかった。最期の決断にこそ、不器用なまでに誠実だった彼の本質が凝縮されている。