信州大学教育学部附属松本中学校の最大の特徴は、附属高等学校を持たない国立中学校である点です。そのため、在籍する全生徒が中学3年時に高校受験に臨みます。
この環境が生み出す信大附属松本中学校の進学実績は、県内の公立中学校と比較しても突出しています。特筆すべきは、長野県屈指の伝統校である松本深志高校の進学実績です。例年、1学年約160名（内部進学者を含む）のうち、毎年40名前後から50名規模が松本深志高校へ合格を果たしており、学年のおよそ4人に1人がトップ校へ進学するという驚異的な進路結果を記録しています。
さらに、国際教養や探究学習で人気の高い松本県ヶ丘高校（探究科・普通科）、松本蟻ヶ崎高校といった地域の有力上位校へも多数の生徒が進学します。「周囲の友人が当たり前のように難関校を目指して勉強している」という集団心理とピア効果（切磋琢磨する環境）が、3年間の学習意欲を底上げする強力な推進力となっています。
