乙武氏の私生活は、常に世間の高い関心を集めてきました。2001年に大学の後輩であった女性と結婚し、3人の子どもに恵まれたものの、2016年の一連の騒動を経て協議離婚が成立しました。かつては家族を前面に出したメディア露出もありましたが、騒動以降はプライベートに関する発信を慎重にコントロールしています。
離婚後も子どもたちの父親としての責務を果たしつつ、複数のパートナーとの交際が報じられるなど、恋愛やパートナーシップに対してはオープンかつ自然体なスタンスを維持しています。「従来の固定的な家族観に縛られない生き方」を実践するその姿勢には、現代の多様なライフスタイルを先取りしているという見方がある一方、伝統的な価値観を持つ層からは厳しい視線が注がれることも少なくありません。