少し耳の痛い話かもしれませんが、相手から「制限」または「ブロック」されている可能性も否定できません。インスタグラムには、相手に気づかれずに特定のユーザーからのアクションを制限する「アカウントの制限」機能が存在します。この状態になると、あなたが送ったコメントは相手のストーリーに反映されず、保留状態になります。
また、完全にブロックされている場合は、ストーリー自体が表示されなくなるため判別は容易ですが、「制限」の場合は投稿が見えるだけに、コメントできない原因が特定しづらいという特徴があります。過度に心配する必要はありませんが、他のユーザーがコメントできているかどうかを観察するのも一つの手です。