多くの美容ジャーナリストや皮膚科専門医が懸念を示す背景には、皮膚バリア機能に対する不可逆的なダメージがあります。最大の懸念事項である色素沈着の危険性と理由は、物理的摩擦が引き起こす「炎症後色素沈着（PIH）」および「摩擦性メラノシス」の病理学的プロセスに起因します。研磨ガラスで擦られた表皮は、微細な傷（マイクロスクラッチ）が無数についた状態となり、皮膚は防御反応としてメラノサイトを過剰に活性化させます。その結果、ターンオーバーで排出しきれなかったメラニン色素が真皮層へ滴下・沈着し、茶褐色やくすんだ黒ずみとして肌に定着してしまうのです。
次に深刻なのが、埋没毛のリスクと真相です。毛を刃物でスパッと垂直に切断するカミソリとは異なり、摩擦で引きちぎられた毛の切断面は不規則に毛羽立ち、先端が鋭利に尖ったり細かく裂けたりします。加えて、擦られた肌は防御反応によって角質を厚く硬化（角化亢進）させるため、毛穴の出口が硬い角質で塞がれます。出口を失った毛が皮膚の内側へと潜り込んで成長し、赤いしこりや毛嚢炎、痛みを伴う化膿を引き起こす要因となります。
さらにクリスタルヘア消しゴムのデメリットとして、力加減のフィードバックが得にくい人間工学的弱点が挙げられます。刃物のような「切れる感覚」やワックスのような「抜ける痛み」が削っている最中に生じにくいため、利用者は無意識のうちに皮膚の同一箇所を何度も往復させてしまいます。これが肌荒れトラブルの経緯と対策において最も厄介な点であり、摩擦を終えて数時間後にヒスタミンが遊離し、激しい痒みや熱感、浸出液を伴う接触皮膚炎へと発展するケースが多発しています。
