塩尻志学館高校では放課後の部活動も非常に盛んで、文武両道を実践する生徒が多く在籍しています。運動部では、全国大会や北信越大会への出場実績を持つ弓道部やフェンシング部をはじめ、サッカー部、野球部、バスケットボール部、バドミントン部などが日々熱心に汗を流しています。
文化部においても、地域のイベントやコンクールで活躍する吹奏楽部やダンス部、美術部、書道部に加え、実習園と連携した研究を行うバイオテクノロジー系のクラブなど、総合学科ならではの専門的な部活動が存在感を示しています。
秋に開催される学校祭（桔梗祭）では、各クラスや系列の研究発表、部活動のステージ発表に加え、実習製品の販売なども行われ、地域住民も巻き込んだ熱気あふれる一大イベントとして毎年大きな盛り上がりを見せています。
