受験生と保護者が最も注目する同志社香里から同志社大学への進学率は、例年95％〜98％前後と圧倒的な数値を記録しています。他大学（国公立や他私大）へ進む生徒や留学を選択する数名を除き、ほぼ全生徒が無試験に近い形で系列大学へ進学できる点が最大の強みです。
ただし、「入学さえすれば無条件で好きな学部に行ける」というわけではありません。進学を左右する同志社香里の内部進学基準には明確なルールが存在します。
基準の柱となるのは、中高6年間（特に高校3年間）の定期テスト成績に基づく学内評定平均値です。各学年で規定の評定を満たす必要があるほか、実力テストの成績や出欠日数、生活態度、さらには英検準2級〜2級レベルの資格取得なども重要な条件として課されます。
特に法学部や商学部、心理学部、グローバル・コミュニケーション学部、理工学部といった人気学部は学内での枠争奪戦が激しく、高校3年間の累積成績上位者から順に希望枠が割り振られます。学校側も「大学で通用する学力の担保」を重視しており、定期試験前に気を抜いて評定を落とせば、希望学部への推薦が得られないシビアな側面を併せ持ちます。
