STAP細胞研究の原点は、小保方氏が早稲田大学大学院在学中の2008年に行ったハーバード大学医学部付属ブリガム・アンド・ウィメンズ病院（BWH）への留学にあります。その受け入れ先こそが、組織工学の権威として知られていたチャールズ・バカンティ（Charles Vacanti）教授の研究室でした。
バカンティ教授はかつて「背中に人間の耳を生やしたマウス（耳マウス）」の実験で名を馳せた研究者であり、生体組織の中には強いストレス環境下で生き残る微小な幹細胞（スパー細胞仮説）が存在するという持論を長年温めていました。小保方氏はこの着想をベースに実験を進め、理研の若山照彦教授（当時）や笹井芳樹副センター長（当時）らを巻き込むことで、巨大な共同研究プロジェクトへと発展させたのです。
論文撤回騒動の最中も、バカンティ教授は「STAP細胞の作製プロトコルには自信がある」と主張し続けましたが、2014年9月に所属病院の麻酔科部長職を辞任し、その後は実質的に第一線の研究現場から身を引く結果となりました。
