ソラシドエアの羽田発着路線における最大のポイントは、全日本空輸株式会社（ANA）との強力なパートナーシップだ。両社は長年にわたり羽田〜九州路線コードシェア運航プロジェクトを推進しており、同じ機材・同じフライトでありながら、予約元によって運航便名や手続き方法が大きく変わる。
共同運航を行うコードシェア便をANA側の便名（4桁のANA便名）で予約・購入した乗客と、ソラシドエアの便名（6Jで始まる便名）で予約した乗客では、使用するチェックインシステムや搭乗券の発行方法が分かれる。ここに、多くの旅行者が混乱する落とし穴が存在する。
