2006年12月20日、ワンナイは約6年にわたる歴史に静かに幕を下ろしました。高視聴率を誇った人気番組がなぜ終了に至ったのか、そのワンナイR&R打ち切り理由には複数の要因が絡み合っています。
第一に、コンプライアンス強化とPTAからの激しい反発です。「王シュレット事件」以降、番組の演出には常に厳しい監視の目が向けられるようになりました。日本PTA全国協議会が実施していた「親が子どもに見せたくない番組」アンケートでは毎年上位の常連となり、過激な下ネタや暴力的なツッコミに対する世間の風当たりが急速に強まりました。
第二に、ゴールデン・プライム帯移行に伴う企画の変質と視聴率の低下です。深夜時代のトゲを抑えざるを得なくなった結果、番組は次第に「もんじゃロワイヤル」などのゲーム企画や、大掛かりなロケ企画へとシフトしていきました。しかし、純粋なコントを求めていたコアなファン層の離脱を招き、2005年以降は視聴率が10%前後まで低迷するようになります。
第三に、出演者間のスケジュールの逼迫とグループ内の変化です。各メンバーが単独で売れっ子となり、全員が揃って長時間のコント収録を行うスケジュール調整が極めて困難になりました。また、ネット上で囁かれたDonDokoDonの不仲説や、コンビ内格差による空気感の変化、さらに宮迫の単独MC志向の高まりなど、ユニット番組としての結束力が徐々に薄れていったことも終焉を決定づけた要因でした。
