2人の間には、2005年4月に誕生した長男がいます。2026年現在では成人を迎え、名門大学で学ぶ青年へと成長しています。
教育環境については、父親と同じく名門・慶應義塾幼稚舎に合格し、普通部、慶應義塾高等学校、そして慶應義塾大学へと進学したと報じられています。政財界のトップ子弟が集う環境の中でも、水野真紀さんの子育てへの情熱は非常に徹底したものでした。
水野真紀さんは芸能活動をセーブしながら、毎朝の手作り弁当作りや日々の栄養管理に心血を注ぎました。調理師免許の取得や大学院での食育・栄養学の専門研究も、元を辿れば「育ち盛りの子どもの心身を健全に育てる」という母親としての強い責任感からスタートしたものです。
公のインタビューや手記でも、子どもに対して過度なプレッシャーを与えるのではなく、自分で考え決断する力を養う教育を重視してきた旨を語っています。父である後藤田氏の政治闘争やスキャンダル報道が巻き起こった時期も、母親である水野さんが家庭内に強固な「日常のシェルター」を築き上げたことで、息子はブレることなく学業に専念できたといえます。