水素水を利用する上で、絶対に無視できないのが「分子の小ささ」に起因する容器問題です。水素（H₂）は宇宙で最も小さく軽い分子であるため、一般的なプラスチックやペットボトルの樹脂の隙間を容易にすり抜けてしまいます。
未開封であっても、ペットボトル容器に入った水素水は製造から時間が経つにつれて水素が空気中へ逃げてしまい、飲む頃には単なるミネラルウォーターと同等になってしまうケースが少なくありません。溶存水素濃度を維持するためには、気密性に優れた「4層構造のアルミパウチ」や「特殊アルミ缶」の採用が必須条件です。
現在市販されている信頼性の高い製品では、充填時だけでなく出荷後も1.0〜1.6ppm（水に溶ける常圧下の限界濃度付近）の濃度を保持できるよう工夫されています。パッケージの記載が「充填時」の数値だけで濁されていないか、容器がアルミ製であるかを確認することが、失敗しないための第一歩です。
