遠方からのアクセスで最もつまずきやすいのが、JR山陽本線・伯備線の倉敷駅と水島臨海鉄道の倉敷市駅との乗り換え動線です。名前は似ていますが改札内連絡通路はなく、完全に独立した別駅舎となっています。
JR倉敷駅の改札(2階)を出た後、南口方面へ向かい、ペデストリアンデッキまたは地上通路を通って西側へ約100メートル移動した場所に「倉敷市駅」の独立した駅舎が佇んでいます。乗り換えの標準所要時間は成人男性の標準的な足取りで約5分、荷物が多い場合や券売機での切符購入を見込むなら7〜10分を確保するのが安全策です。
さらに盲点となりやすいのが、JRと水島臨海鉄道のダイヤが必ずしも接続を考慮して組まれていない点です。JR側のわずかな着発遅れによって目の前で水島行きが出発してしまい、日中に30〜40分待たされるケースも珍しくありません。遠方から水島方面へ向かう場合は、JR倉敷駅への到着を1本早めておく判断が移動ストレスを大幅に軽減します。