組織分裂を経た現在、かつてのような一枚岩の巨大組織は存在しません。活動の構図は大きく2つに分かれています。
現在のシーシェパード本体（Sea Shepherd Global）は、過激な海賊戦術を完全に捨て去り、アフリカ諸国などの沿岸警備隊と協定を結んで違法操業（IUU漁業）のパトロールを支援するNGOとして再編されました。国際機関や政府との対話を重視する現実路線を歩んでいます。
一方、追放されたワトソンは自身の信奉者を集めて「キャプテン・ポール・ワトソン財団（CPWF）」という新たな分派組織を立ち上げ、強硬路線の継続を宣言。しかし、資金力・影響力ともに最盛期からは見る影もなく低下しており、国際指名手配と司法包囲網の中でその活動領域は極めて狭まっています。
