ホテルをチェックアウトした後、飛行機の出発時刻まで数時間観光したい旅行者にとって、荷物の処理は最大の課題です。石垣島バスターミナル周辺には複数の手荷物預け先が存在しますが、需要に対してキャパシティが逼迫しやすい傾向にあります。
バスターミナル待合所内には、中型から大型スーツケースが入る石垣島バスターミナルコインロッカーが設置されています。料金はサイズに応じて1回400円〜800円程度。しかし、設置台数は20口前後に留まっており、午前中の早い段階で「空きなし」の赤ランプが点灯することも珍しくありません。
ロッカーが埋まっていた場合の救済措置として重宝するのが、ターミナル窓口で実施されている石垣島バスターミナル荷物預かりサービスです。有人の手荷物一時預かり所では、規定料金（手荷物1個あたり500円〜700円前後）を支払うことで、営業時間内であれば大型の手荷物やベビーカーなどを確実に預けることができます。
それでも窓口が満杯、あるいは営業時間外である場合のセカンドプランとして、徒歩2〜3分の「ユーグレナ石垣港離島ターミナル」内のコインロッカー群（100口以上設置）や売店が運営する民間預かり所を活用するルートがあります。バスターミナル側の空きがない場合は、無理に待たず即座に離島ターミナル側へ移動するのが賢明な立ち回りです。
